Misi FEBI IAIN Kendari Tahun 2015-2025 adalah:
Perumusan Misi FEBI IAIN Kendari Tahun 2015-2025 merujuk pada pada Misi IAIN Kendari yaitu menghasilkan sarjana yang memahami ilmu-ilmu keislaman secara transdisipliner dan menjabarkan Visi FEBI IAIN Kendari maka misi FEBI IAIN Kendari dirumuskan sebagai berikut:
- Menyelenggarakan Pendidikan dan Pengajaran Ilmu Ekonomi dan Bisnis Islam Berkualitas
- Melaksanakan Penelitian dan Pengembangan Ilmu Ekonomi dan Bisnis Islam yang Responsif.
- Melaksanakan Pengabdian Kepada Masyarakat Melalui Pemberdayaan Ekonomi
- Mewujudkan Tata Kelola Fakultas dan Pelayanan Akademik yang modern
- Memperluas Jaringan Kerjasama dan Sinergisitas dengan Lembaga-lembaga Berbasis Ekonomi dan Alumni