Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (UPPS) Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kendari berdiri pada tanggal 12 Februari tahun 2015 berdasarkan Permenag No. 9 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Kendari. FEBI memiliki tiga PS, iaitu PS Perbankan Syariah, PS Ekonomi Syariah dan PS Manajemen Bisnis Syariah. Cikal bakal FEBI sudah ada sejak tahun 1999 iaitu PS Ekonomi Islam dengan konsentrasi Perbankan Syariah Jurusan Syariah. Izin penyelenggaraannya berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam No:DJ.II/193/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Islam Konsentrasi Perbankan Syariah pada Jurusan Syariah STAIN Sultan Qoimuddin Kendari.
Tahun 2008 terbit Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor:DJ.I/385/2008 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan PS pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) termasuk salah satu diantaranya PS Ekonomi Islam (S1) STAIN Sultan Qoimuddin Kendari dengan masa berlaku lima tahun. Sehingga tahun 2009 STAIN Kendari menerima kembali mahasiswa baru untuk PS Ekonomi Islam Konsentrasi Perbankan Syariah. PS Perbankan Syariah mula diselenggarakan pada tahun 2014 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 162 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaraan PS pada Program Sarjana Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Sultan Qoimuddin Kendari Tahun 2014 tertanggal 15 Januari 2014.PS Perbankan Syariah dan Ekonomi Syariah merupakan PS yang berada di Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam bersama dengan PS Muamalah dan Ahwal al-Syakhshiyyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari. Tahun 2008 terbit Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: DJ.I/385/2008 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan PS pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) termasuk salah satu diantaranya PS Perbankan Syariah (S1) STAIN Sultan Qaimuddin Kendari dengan masa berlaku lima tahun. Sehingga tahun 2009 STAIN Kendari menerima kembali mahasiswa baru untuk PS Perbankan Syariah. Peraturan Presiden Republik Indonesia No. 145 Tahun 2014 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kendari menjadi Institut Agama Islam Negeri Kendari Tanggal 17 Oktober 2014 status STAIN Sultan Qaimuddin Kendari berubah menjadi IAIN Kendari. PS Perbankan Syariah berada di bawah naungan FEBI IAIN Kendari.
| Tahun | SK BAN-PT | Status | Masa Berlaku s/d |
| 2017 | No SK: 0350/SK/BAN-PT/Akred/S/I/2017 | Akreditasi C (Sementara) | 10 Januari 2017–10 Januari 2022 |
| 2019 | No.SK: 2804/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2019 Status: Terakreditasi Peringkat: B Di Tetapkan Tgl: 2019-07-31 | Akreditasi B | 31 Juli 2019–31 Juli 2024 |
Status akreditasi di atas menjadi motivasi fakultas dan institut untuk terus mengembangkan fakultas untuk meningkatkan status akreditasi, di antaranya meningkatkan pelayanan kepada mahasiswa dengan sistem online, seperti penawaran mata kuliah, penyelesaian studi dan lain-lain dalam proses pelayanan pembelajaran dilakukan dengan sistem online. Aspek prasarana dan sarana juga ditingkatkan di antaranya laboratorium bank mini syariah, laboratorium entrepreneur (inkubator), Galeri Investasi Syariah (GIS), dan laboratorium statistik dan akuntansi. Adapun jumlah dosen tetap fakultas sejumlah 15 dosen fakultas keahlian Perbankan Syariah, Ekonomi Islam, dan manajemen Islam, yang 11 dosen di antaranya bergelar doktor ditambah 23 pegawai staf pendidikan, saat ini mengajar dan melayani sekitar 295 mahasiswa PS Perbankan Syariah.
Pada kajian bidang ekonomi, pengetahuan mengenai perbankan syariah, manajemen bisnis, akuntansi, dan ilmu ekonomi sudah semakin berkembang dengan moderasi beragama dan banyak melibatkan unsur teknologi. UPPS melakukan upaya pengembangan materi kurikulum yang sesuai dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan lingkungan industri saat ini, dengan memasukkan unsur teknologi (pada mata kuliah tertentu). Selanjutnya mengenai kebijakan kampus merdeka yang mengarah pada kebebasan belajar, dapat berdampak pada perubahan kurikulum dan Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL), sehingga UPPS memberikan kesempatan bagi PS untuk menyesuaikan kurikulum yang sesuai dengan kebijakan kampus merdeka. Tidak hanya itu, UPPS telah bekerjasama dengan Bank Indonesia Institut dari Bank Indonesia, Muamalat Institute dan Bank Muamalat, serta Bank Syariah Indonesia untuk mengembangkan pembelajaran kampus merdeka (MBKM). UPPS menawarkan Pendidikan yang transdisipliner serta inklusif yang memiliki kekhasan iaitu penanaman karakter transdisipliner dengan didukung oleh kurikulum yang terintegrasi dengan nilai-nilai Islam berlandaskan pada filosofi kurikulum The Smart Bee.
Untuk menjawab tantangan industri, UPPS telah melakukan banyak Kerjasama dengan pelbagai pihak seperti alumni, perusahaan-perusahaan di sektor private dan pelbagai institusi yang dapat mendukung program magang sehingga mahasiswa mampu mengembangkan hard skill dan soft skill-nya. UPPS memiliki sistem penjaringan masuk mahasiswa baru melalui berbagai macam jalur untuk menjaring calon mahasiswa yang berkualitas dan pendaftar dengan jumlah yang selalu melebihi kapasitas. Terlebih lagi, dengan kekhasan transdisipliner yang berbasis pada integrasi nilai-nilai agama dan keilmuan umum, UPPS dapat menciptakan pangsa pasar tersendiri. UPPS memiliki sistem rekrutmen dosen dan tenaga kependidikan yang terstruktur dan menjaring calon dosen yang memiliki kualifikasi di bidang manajemen yang berasal dari lulusan umum yang meliputi dosen akademisi dan praktisi. UPPS telah mengembangkan dan mengaplikasikan proses pembelajaran jarak jauh yang memanfaatkan platform e-learning yang terintegrasi dengan SIA untuk mempermudah penilaian dan absensi kehadiran untuk upaya kontrol dan evaluasi pembelajaran mahasiswa.
Website: https://pbs.febi.iainkendari.ac.id/