Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kendari berdiri pada tanggal 12 Februari tahun 2015 berdasarkan Permenag No. 9 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Kendari. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam memiliki Satu Jurusan, yaitu Jurusan Ekonomi dan Perbankan Syariah dengan dua Program Studi, Program Studi Ekonomi Syariah dan Program Studi Perbankan Syariah. Cikal bakal Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam ini sudah ada sejak tahun 1999 yaitu Program Studi Ekonomi Islam dengan konsentrasi Perbankan Syariah Jurusan Syariah. Izin penyelenggarannya berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam No: DJ.II/193/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Islam pada Jurusan Syariah STAIN sultan Qaimuddin Kendari. Pada diktum yang keempat keputusan tersebut Program Studi Ekonomi Islam pada Jurusan Syariah tidak boleh menerima mahasiswa baru termasuk mahasiswa pindahan, mulai tahun 2003/2004.
Pada tahun 2008 terbit Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: DJ.I/385/2008 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) termasuk salah satu diantaranya Program Studi Ekonomi Islam (S1) STAIN Sultan Qaimuddin Kendari dengan masa berlaku lima tahun. Sehingga tahun 2009 STAIN Kendari menerima kembali mahasiswa baru untuk Program Studi Ekonomi Islam. Berdasarkan Akreditasi BAN-PT No. 030/BAN- PT/Ak-XV/S1/X/2012 Program Studi Ekonomi Islam terakreditasi B. Kemudian keluar Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 4076 Tahun 2014 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi Pada Program Sarjana STAIN Sultan Qaimuddin Kendari tahun 2014 nama Program Studi Ekonomi Islam berubah menjadi Ekonomi Syariah dengan gelar akademik SE.Sy.
Sementara Program Studi Perbankan Syariah mulai diselenggarakan pada tahun 2014 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 162 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaaraan Program Studi pada Program Sarjana Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Sultan Qaimuddin Kendari Tahun 2014 tertanggal 15 Januari 2014.
Program Studi Ekonomi Syariah dan Program Studi Perbankan Syariah merupakan program studi yang berada di Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam bersama dengan program studi Muamalah dan Ahwal al-Syakhshiyyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari sampai STAIN Kendari beralih status menjadi IAIN Kendari.